O Tribunal Regional Federal (TRF) decidiu manter decisão que inocentou os três acusados do acidente com o avião da TAM no Aeroporto de Congonhas em julho de 2007. O acidente causou a morte de 199 pessoas. Cabe recurso à decisão. A aeronave que saiu de Porto Alegre, no Rio Grande do Sul, em 17 de julho de 2007 não conseguiu parar na pista do aeroporto de Congonhas, na Zona Sul da capital paulista. Todos os passageiros e a tripulação, além de pessoas em solo, morreram quando o avião bateu em um prédio da própria TAM. A Procuradoria da República denunciou o então diretor de segurança de voo da companhia aérea, Marco Aurélio dos Santos de Miranda e Castro, o então vice-presidente de operações da TAM, Alberto Fajerman, e Denise Abreu, que na época era diretora da Agência Nacional de Aviação Civil (Anac). Nesta segunda, os três desembargadores que compunham o colegiado do TRF decidiram, por unanimidade, manter a absolvição dos três acusados. Segundo o SP2, o parecer foi praticamente inteiro apoiado no relatório do Centro de Prevenção e Investigação de Acidentes Aeronáuticos (Cenipa), que indicou que as condições climáticas ou as condições da pista do Aeroporto de Congonhas não foram decisivas para o acidente. Segundo o relatório, a falha técnica ou humana no manejo dos manetes teria derrubado o Airbus da Tam mesmo em outras condições climáticas. Cabe recurso ao Superior Tribunal de Justiça (STJ) ou ao Supremo tribunal Federal (STF). Parentes das vítimas que acompanhavam a audiência deixaram o tribunal inconformados. A Procuradoria havia pedido a condenação do três acusados a 24 anos de prisão por atentado contra a segurança de transporte aéreo na modalidade dolosa (quando há a intenção). No pedido feito à Justiça, o procurador da República Rodrigo de Grandis os responsabiliza criminalmente pelo acidente do voo TAM JJ 3054. BN
A possível existência de danos ao erário, uma das razões pelas quais o processo foi convertido em tomada de contas especial (TCE), ficou caracterizada pelo fato de as ações do Grupo JBS terem sido adquiridas com ágio de R$ 0,50 a unidade, o que não seria justificável, uma vez que o interesse na concretização do negócio era integralmente do Grupo.